La Guerra dels Segadors va esclatar amb contundència a la regió de Girona el maig de 1640. Després de les batalles i setges de Leucata i Salses, els exèrcits hispànics es van instal·lar a la vegueria de Girona. L'algutzir Montrodon els ajudava a distribuir-se des de Santa Coloma de Farners, on va ser atacat i mort pels pagesos revoltats. Al mateix temps, a Sant Martí de Riudarenes els terços van saquejar i cremar l'església, per la qual cosa el bisbe Gregorio Parcero en va dictaminar l'excomunió. El rei, Felip IV, el virrei, el comte de Santa Coloma i el Consell d'Aragó van decidir revenjar-se'n, i com a càstig feren cremar tota la vila de Santa Coloma de Farners. Aquests fets tan contundents van marcar l'inici d'una dècada llarga, de 1641 a 1652, en què Catalunya es va lliurar a la monarquia francesa i la monarquia hispànica va voler recuperar el Principat per les armes. És el que coneixem com la Guerra dels Separació. En aquest període, les universitats gironines hagueren de suportar els allotjaments francesos, paral·lelament a les contribucions militars i a l'enviament de soldats al Batalló català. El conflicte no es pot considerar acabat fins que Joan Josep d'Àustria va alliberar Girona del setge al qual l'any 1653 les tropes franceses havien sotmès la ciutat.